1885-ben pappá szentelték, 1888-ben a teológia doktorává avatták, 1891-től a Győri Királyi Katolikus Tanítóképző Főiskola igazgatójának nevezték ki, ahol akkor már két esztendeje tanárként tevékenykedett. 1900-ban leköszönt tanári állásáról és Pér plébánosaként több időt s energiát szentelt a tudományos kutatómunkának, amelynek középpontjában a törökországi magyar vonatkozású írásos emlékek álltak. 1902-ben az Akadémia Történelmi Bizottságának felkérésére kezdte el a 17. századi török utazó, Evliya Çelebi magyarországi útleírásának fordítását.
1907-től hivatalos megbízatás keretében, eredetileg a Rákóczi-emigráció iratainak felkutatására több isztambuli levéltárban vizsgálódott. A következő évben nyugati kutatóként először, hosszas utánajárás eredményeképpen, szultáni külön engedéllyel hozzáférhetett a Topkapı Saray iratanyagához, amelyből magyar vonatkozású dokumentumokat válogatott ki. Ekkor került kezébe İbrâhîm Müteferrika Risâle-i Islâmîye néven ismeretes autográf kézirata, amely felkeltette érdeklődését Müteferrika iránt, és kiinduló pontként szolgált róla szóló tudományos tanulmányaihoz. E tárgyban írt első cikke a Karácsont is tagjai között számon tartó Török Történettudományi Társaság folyóiratának (Tarih-i Osmanî Encümeni Mecmuası) 1911. évi számában jelent meg.
Forrásfeltáró munkájának eredményeit számos cikke mellett többek között a Török-magyar oklevéltár 1533-1789 című forrásgyűjtemény (1914) és a Török Történetírók 3. kötete (1916) teszi közzé. Ő fedezte fel Izmit örmény temetőjében Thököly Imre síremlékét is. Karácson Imrét 1911-ben, Isztambulban érte a halál, hamvait a győri köztemetőben helyezték nyugalomra.